更年期的病理变化主要包括两方面，卵巢功能衰退，雌激素缺乏所引起的变化;机体老化的变化，二者常交结在一起。由于体内雌激素水平降低可引起以下病理、生理变化。妇女年龄到达更年期，机体老化，卵巢功能衰退，雌激素缺乏。妇女在经绝前后，由于体内雌激素水平降低可引起以下病理、生理变化：对上皮细胞、平滑肌及结缔组织生长的刺激减少从而发生生殖道、泌尿道、乳腺管及体毛的退化;自主神经系统不稳定，引起血管舒缩运动障碍;大脑皮质功能可受影响易出现情绪波动烦乱等;骨质重吸收增加，可引起临床意义的骨质疏松症;有人认为雌激素缺乏可促使冠心病、高血压、脑血管意外，或老年性精神病的发生或使已有病情的加重。

中医学认为，妇女在经绝前后，肾气渐衰，天癸将竭，冲任脉虚，生殖功能逐渐减退以致丧失，脏腑功能逐渐衰退，使机体阴阳失于平衡而导致该病，肾虚是致病之本。